Подводная лодка «Форель»
17 мая 1910 года затонула в результате поступления воды внутрь прочного корпуса в Японском море в районе бухты Новик. В тот же день подводная лодка поднята, но в строй не вводилась и была переведена в разряд вспомогательных судов.
Подводная лодка «Порт-Артурец»
19 декабря 1904 года в Западном бассейне гавани Порт-Артура во избежание захвата японцами затоплена своей командой.
Подводная лодка «Губэ-2» или подводная лодка Джевецкого №-35
19 декабря 1904 года в Западном бассейне гавани Порт-Артура во избежание захвата японцами затоплена своей командой.
Подводная лодка Щ-103
4 ноября 1935 года затонула в Уссурийском заливе Японского моря в результате поступления воды внутрь прочного корпуса. 28 марта 1936 года подводная лодка поднята, но 1 апреля 1936 года вновь затонула в бухте Большой Улисс. 2 апреля 1936 года подводная лодка вновь поднята и пошла на слом.
Подводные лодки М-49 и М-63
10-17 августа 1941 года погибли в Японском море в заливе Петра Великого.
Подводные лодки Щ-118 и Щ-138
18 июля 1942 года в Николаевске — на — Амуре затонули от внутреннего взрыва. Впоследствии Щ-138 поднята, но 18 августа 1942 года вновь затонула в шторм в Амурском лимане, вторично поднята 11 июля 1943 года и сдана на слом.
Подводная лодка Л-16
11 октября 1942 года, во время перехода с Тихоокеанского флота на Северный флот, в составе группы подводных лодок в Тихом океане была торпедирована неустановленной подводной лодкой.
Подводная лодка Щ-130
31 августа 1943 года затонула в заливе Америка Японского моря в результате столкновения с подводной лодкой Щ-128. Подводная лодка поднята 2 сентября 1943 года и вновь введена в строй.
Подводная лодка Щ-139
25 апреля 1945 года в бухте Ракушка у причала №-2 в результате взрыва подрывных патронов в седьмом отсеке подводная лодка затонула на глубине семь метров.
Подводная лодка Л-19
В августе 1945 года погибла в проливе Лаперуза.
Подводная лодка М-19
1 июня 1948 года затонула в Японском море в районе Советской гавани в результате столкновения с подводной лодкой М-12. 2 июня 1948 года М-19 поднята спасательным судном «Песчаный» и вновь введена в строй.
Подводная лодка С-117
15 декабря 1952 года погибла в Тихом океане в Татарском проливе в районе Холмска (остров Сахалин) в результате аварии неустановленного характера.
Подводная лодка С-104
10 декабря 1957 год как плавучая зарядовая станция потеряна в заливе Васильева у острова Парамушир (Курильские острова) в результате навигационной аварии. Впоследствии подводная лодка поднята и сдана на слом.
Подводная лодка М-252
18 сентября 1959 года при возвращении в базу во время шторма, подводная лодка села на камни у входа в залив Советская Гавань в бухте Обманная в Татарском проливе и получив серьезные повреждения, затонула на глубине пять метров. Впоследствии подводная лодка была поднята и разделана на металл.
Подводная лодка К-129
8-12 марта 1968 года затонула в Тихом океане в 350 милях северо-западнее Гавайских островов по неустановленной причине. 4 июля 1974 года частично поднята американским судном «Glomar Eхplorer».
Подводная лодка К-56
14 июня 1973 года протаранена НИС «Академик Берг» в 01.50 в правый борт, в стык первого и второго отсеков. Командир направил подводную лодку к ближайшему берегу и выбросил К-56 на отмель в районе мыса Гранитный, предотвратив ее возможное затопление. На следующий день прибывшие спасательные суда завели под К-56 понтоны, подводную лодку сняли с отмели и отбуксировали в бухту Руднева, а затем в ДОК в бухту Чажма.
Подводная лодка К-122
21 августа 1980 года — пожар на подводной лодке во время Боевой службы в Филиппинском море.
Подводная лодка С-178
21 октября 1981 года затонула в заливе Петра Великого Японского моря у острова Скрыплева в результате столкновения с судном «Рефрижератор -13».
Подводная лодка К-429
24 июня 1983 года при проведении дифферентовки затонула в бухте Саранная в Авачинском заливе.Затопление отсеков произошло через незакрытые запоры шахты вытяжной и приточной вентиляции. Подводная лодка была поднята Аварийно-Спасательной Службой флота в августе 1983 года и поставлена в ремонт на СРЗ-49 (б.Сельдевая). Затонула повторно у стенки судоремонтного завода из-за поступления воды в прочный корпус через забортную арматуру, при достижении критического крена и через технологическое отверстие, вырезанное в прочном корпусе четвертого отсека. Подводная лодка была вновь поднята и переоборудована под Учебно-Тренировочное Судно.
Подводная лодка К-431
10 августа 1985 года на подводной лодке, проходящей ремонт в СРЗ-30 (бухта Чажма) при проведении технологических работ с реактором произошла авария с гибелью личного состава. Подводная лодка не восстанавливалась, в 1987 году выведена из Боевого состава флота.
Подводная лодка Б-33
26 января 1991 года затонула при стоянке у пирса в бухте Улисс в результате поступления воды внутрь прочного корпуса. 27 января 1991 года поднята и сдана на слом.
Подводная лодка К-152 («Нерпа»)
8 ноября 2008 года на подводной лодке в Японском море при проведении заводских ходовых испытаний в подводном положении произошла несанкционированная подача огнегасителя системы объемного пожаротушения ЛОХ во 2-й отсек. При аварии на подводной лодке от отравления фреоном погибли трое членов команды подводной лодки и семнадцать гражданских специалистов сдаточной команды. Подводная лодка повреждений не получила, своим ходом прибыла в достроечную базу ЗСО «Восток» б. Большого Камня.