Подводная лодка тип «М» XII серии заложена 22 июня 1939 года на заводе №-196 в Ленинграде. 15 апреля 1940 года спущена на воду, 10 июля 1940 вступила в строй, 1 августа 1940 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Начало Великой Отечественной войны М-98 встретила в составе 8-го дивизиона 2-й Бригады подводных лодок Краснознаменного балтийского флота на Ханко.
19 июля 1941 года М-98 прибыла в Триги, откуда около 00.00 часов 21 июля вышла для несения дозора вместе с М-94 северо-западнее мыса Ристна под эскортом катеров-тральщиков. Пройдя Соэло-Вяйн, эскорт оставил подводные лодки, и они продолжили движение самостоятельно. Около 8 часов в районе маяка Кыпу М-94 была потоплена торпедой германской подводной лодкой U-140. М-98 избежала попадания, после чего приняла участие в спасении части экипажа М-94. Большую часть времени патрулирования на позиции М-98 лежала на грунте, и лишь ночью на короткое время всплывала на поверхность для вентиляции отсеков. В оптическую систему перископа просочилась вода, и М-98 вернулась в базу.
В конце июля 1941 года М-98 пришла в Таллинн. 28 августа советские войска покинули столицу Эстонии. М-98 входила в Отряд прикрытия. В районе острова Аэгна подводная лодка покинула караван и направилась на позицию в район восточнее маяка Порккалан — Каллбода с задачей прикрытия перехода кораблей и судов. До 2 сентября подводная лодка находилась на позиции, но встреч с противником не имела и 4 сентября самостоятельно вернулась в Кронштадт.
В ночь на 28 сентября М-98 вышла в Боевой поход в Нарвском заливе. Большую часть времени подводная лодка провела на грунте и встреч с противником не имела. 9 октября М-98 вернулась в Кронштадт.
13 ноября 1941 года М-98 вышла в Боевой поход для действия на коммуникации Таллинн-Хельсинки. До меридиана острова Найссар подводная лодка должна была следовать в составе конвоя на Ханко. В ночь на 14 ноября в районе острова Кери караван попал на плотное минное поле. На минах подорвались эсминец «Суровый» и подводная лодка Л-2.Около 01.20 М-98 вышла из состава конвоя, и, взяв курс на северо-запад, погрузилась. Больше ее никто не видел и не слышал. В 01.57 на кораблях конвоя в направлении М-98 были услышаны два сильных взрыва.
По состоянию на начало 2019 года считалась пропавшей без вести;
11 мая 2019 года Международная команда дайверов и участников проекта «Поклон кораблям Великой Победы», при поддержке Фонд президентских грантов начала второй этап экспедиции по поиску и идентификации советских подводных лодок, погибших в годы войны на Балтике. Исследования проходят в территориальных водах Эстонии, в районе бывшего минного поля «Юминда», где погибли несколько подводных лодок, а также более сорока кораблей Таллиннского перехода. В настоящее время команда занята поиском места гибели подводных лодок Щ-301, М-98, «Калев».
14 ноября 1941 г. – Великая Отечественная война, Краснознаменный Балтийский флот. Подорвалась на минном заграждении малая подводная лодка «М-98» в районе о. Кери. Погибли:
- капитан-лейтенант Беззубиков Иван Иванович – командир ПЛ, 1907 года, г. Баку
- лейтенант Веремеенко Василий Михайлович – командир БЧ-1, 1915 года, Сталинская (Донецкая) область, п. Краснопольский
- инженер капитан-лейтенант Гордов Павел Терентьевич – командир БЧ-5, 1914 года, г. Ленинград (Санкт-Петербург)
- старший краснофлотец Борисов Петр Макарович – командир отделения акустиков, 1917 года, Могилевская область, д. Дратьковичи
- старшина 2 статьи Егоров Сергей Иванович – командир отделения мотористов, 1915 года, г. Москва
- старший краснофлотец Замаев Федор Федорович – старший рулевой, 1918 года, Воронежская область, с. Красное
- старшина 2 статьи Иванов Виктор Иванович – командир отделения штурманских электриков, 1915 года, Ленинградская область, д. Руново
- старшина 2 статьи Иванов Михаил Васильевич – командир отделения рулевых, 1918 года, Ленинградская область, г. Луга
- старшина 1 статьи Карев Василий Степанович – электрик, 1915 года, Московская область, д. Куплиям
- краснофлотец Корнилецкий Владимир Васильевич – старший электрик, 1917 года, Винницкая область, г. Тыврос
- главный старшина Лебединский Семен Яковлевич – старшина группы торпедистов, 1911 года, Днепропетровская область, г. Александровск
- старшина 2 статьи Лейченков Иван Андреевич – командир отделения трюмных, 1921 года, Калининская (Тверская) область, ст. Пено
- краснофлотец Маканин Иван Яковлевич – трюмный, 1920 года, Харьковская область, с. Русские Тишки
- главный старшина Никитин Михаил Максимович – боцман, 1908 года, Татарская АССР, д. Нуратлей
- главный старшина Соколовский Василий Тихонович – старшина группы мотористов, 1911 года, г. Киев
- старшина 2 статьи Сухарев Николай Николаевич – командир отделения радистов, 1915 года, западная (Смоленская) область, д. Гусаково
- старший краснофлотец Федоров Александр Леонидович – старший торпедист, 1917 года. Ростовская область, г. Новочеркасск
- старший краснофлотец Чурзин Павел Павлович – старший моторист, 1917 года, Сталинградская (Волгоградская) область. г. Ленинск
