Подводная лодка тип «М» XII серии заложена 26 июня 1939 года на заводе №-196 (Новое Адмиралтейство) в Ленинграде. 15 апреля 1940 года спущена на воду, 3 июля 1940 года вступила в строй, 23 июля вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
22 июня 1941 года М-99 находилась в составе 8-го дивизиона 2-й Бригады подводных лодок Краснознаменного Балтийск4ого флота с базированием на Ханко.
21 июня подводная лодка вернулась из дозора в устье Финского залива, но с началом войны М-99 вновь вышла в указанный район, где пробыла около суток. Не обнаружив противника, подводная лодка вернулась в Таллинн, откуда уже в ночь на 25 июня снова вышла в район южнее острова Утё.
28 июня дежурившая в соседнем секторе М-103 донесла, что в районе нахождения М-99 наблюдала сильный взрыв. Подводную лодку потопила двумя торпедами германская ПЛ U149.
На начало 2019 года данные об обнаружении остова подводной лодки отсутствуют.
28 июня 1941 г. Великая Отечественная война. Балтийский флот. Потоплена немецкой ПЛ U-149 малая подводная лодка «М-99» у острова Даго (Хиума). Погибли:
- старший лейтенант Попов Борис Михайлович – командир ПЛ
- лейтенант Кузнецов Григорий Федорович – командир БЧ-1
- старший инженер лейтенант Вялых Владимир Григорьевич – командир БЧ-5
- старшина 2 статьи Бочаров Михаил Степанович – командир отделения радистов
- старшина 2 статьи Брашин Иван Игнатьевич – командир отделения гидроакустиков
- старшина 2 статьи Герасимов Владимир Андреевич – старший моторист
- старшина 1 статьи Иванисов Георгий Платонович – старшина мотористов
- краснофлотец Карлов Евгений Иванович – рулевой
- старшина 2 статьи Климин Павел Яковлевич – командир отделения трюмных
- краснофлотец Козельчук Николай Никитович – трюмный
- старшина 2 статьи Королев Сергей Николаевич – командир отделения электриков
- старшина 2 статьи Малик Алексей Ефимович – командир отделения рулевых
- краснофлотец Махров Владимир Петрович – моторист
- краснофлотец Николаев Дмитрий Петрович – моторист
- главный старшина Павлов Михаил Васильевич – старшина торпедистов
- главный старшина Сафронов Петр Григорьевич – боцман
- краснофлотец Смолин Владимир Алексеевич – рулевой
- старшина 1 статьи Терентьев Валентин Георгиевич – старшина электриков
- краснофлотец Тычков Николай Анисимович – торпедист
- краснофлотец Шапиро Марк Федорович – электрик
