Подводная лодка тип «М» XII серии заложена 26 июля 1937 года на заводе №-112 (Красное Сормово) в Горьком. 20 сентября М-97 спущена на воду, 10 октября 1939 года вступила в строй, после чего вместе с М-96 была поставлена в плав. ДОК для транспортировки на Балтику, но осенью 1939 отправка не состоялась, и подводные лодки остались зимовать на Волге. 12 ноября 1939 года М-97 вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота, но на Балтику прибыла только весной 1940 года.
22 июня 1941 года М-97 находилась в составе 8-го дивизиона 2-й Бригады подводных лодок Краснознаменного Балтийского флота. Подводная лодка М-97 совершила пять Боевых походов.
В последний Боевой поход М-97 вышла вечером 25 августа 1942 года. В ночь на 1 сентября подводная лодка в сопровождении тральщиков вышла с Лавенсари в точку погружения на Восточном Гогландском плесе для следования на позицию между Таллинном и Хельсинки. Больше подводная лодка на связь не выходила и в базу не вернулась.
В 1990 году подводная лодка М-97 обнаружена группой финских дайверов на грунте южнее Хельсинки. Носовая оконечность остова подводной лодки полностью разрушена взрывом мины. В 1998 году обследована дайверами на грунте.
На начало 2019 года информации в СМИ о планируемом подъеме остова подводной лодки сайта не обнаружено.
Великая Отечественная война. Балтийский флот. В результате взрыва мины погибла малая подводная лодка «М-97» при форсировании рубежа ПЛО в районе о. Гогланд или у Хельсинки. На связь не вышла. Погибли:
- капитан-лейтенант Дьяков Николай Васильевич – командир ПЛ, 1912 года, Архангельская область, с. Томница
- капитан-лейтенант Кириллов Николай Иванович – помощник командира, 1915 года, Марийская АССР, м. Нартая
- старший лейтенант Кондрашов Александр Андреевич – командир БЧ-1, 1911 года, г. Харьков
- инженер капитан-лейтенант Червяков Евгений Дмитриевич – командир БЧ-5, 1912 года, Орловская область, г. Орджоникидзеград
- старшина 2 статьи Григорьев Николай Иванович – командир отделения акустиков, 1918 года, Ленинградская область, д. Еросиха
- старшина 2 статьи Девяткин Владимир Ильич – командир отделения мотористов, 1921 года, Ленинградская область, сс. Тарасовский
- мичман Ершов Григорий Лаврентьевич – командир отделения торпедистов, 1912 года, г. Ленинград (Санкт-Петербург)
- мичман Кутасов Александр Николаевич – старшина торпедистов, 1911 года, Горьковская (Нижегородская) область, д. Медведево
- старшина 2 статьи Кучеренко Кузьма Андреевич – старший торпедист, 1919 года, Николаевская область, с. Покровки
- старшина 2 статьи Луценко Тимофей Лукьянович – старший электрик, 1921 года, Днепропетровская область, Синельниковский район
- старшина 2 статьи Марценюк Виктор Николаевич – командир отделения штурманских электриков, 1918 года, Винницкая область, с. Михайловка
- старшина 2 статьи Михалчевский Аркадий Андреевич – командир отделения трюмных, 1917 год, Черниговская область, г. Новогород-Северский
- старшина 1 статьи Морозов Александр Дмитриевич – командир отделения акустиков, 1914 года, Калининская (Тверская) область, д. Персус
- старшина 2 статьи Мякушкин Борис Николаевич – старший моторист, 1918 года, Вологодская область, ст. Хоровская
- главный старшина Петров-Шеборда Юрий Степанович старшина электриков, 1915 года, г. Москва
- старшина 2 статьи Плотников Иван Федорович – трюмный, 1920 года, Воронежская область, г. Кременной
- мичман Рудаков Николай Николаевич – боцман, 1911 года, г. Вологда
- старший краснофлотец Сельский Анатолий Тимофеевич – рулевой, 1919 года, Хмельницкая область, д. Радковица
- старшина 2 статьи Сергеев Владимир Захарович – старший рулевой, 1918 год, Ленинградская область, д. Савино
- старшина 1 статьи Тульников Григорий Иванович – командир отделения рулевых, 1914 год, Татарская АССР, с. Яковка.
