Подводная лодка тип «М» XII серии заложена 25 декабря 1938 года на заводе №-196 в Ленинграде. 11 сентября 1939 года спущена на воду, 20 ноября 1939 вступила в строй, 12 декабря 1939 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
На момент начала Советско-финской войны подводная лодка входила в состав 26-го дивизиона 2-й Бригады подводных лодок КБФ, но в Боевых действиях участия не принимала.
Начало Великой Отечественной войны М-94 встретила в составе 8-го дивизиона 2-й Бригады подводных лодок КБФ.
В ночь на 21 июля М-94 вышла на позицию и у маяка Кыпу была торпедирована германской подводной лодкой U140. Так как глубина в этом районе не превышала двадцати метров, М-94 уперлась в грунт с дифферентом на корму 60°. Нос и надстройка подводной лодки возвышались над водой. Находившиеся в момент взрыва на мостике командир, штурман, командир отделения рулевых, и старшина мотористов были выброшены в воду, штурман был ранен и утонул, остальные сумели забраться на возвышающуюся над водой носовую часть.
Видя гибель подводной лодки, и предположив, что М-94 погибла на мине, на М-98 застопорили ход и стали спускать резиновую лодку. В этот момент с М-94 заметили перископ германской подводной лодки, которая выпустила торпеду по М-98. Подводная лодка уклонилась от торпеды. Сняв с тонущей подводной лодки командира и двух краснофлотцев, М-98 передала их на подошедшие катера.
Старшим на борту стал командир БЧ-5, который оценив обстановку, принял решение покинуть подводную лодку через люк боевой рубки. По показаниям приборов, которые в момент взрыва вышли из строя, выходило, что подводная лодка лежит на глубине сорок метров, поэтому решено было для выхода из аварийного корабля использовать приборы ИСА-М, но выяснилось, что некоторые члены команды М-94 не умеют им пользоваться. Был проведен краткий инструктаж и объяснено устройство аппарата. Весь личный состав с трудом поместился в боевой рубке, после чего люк, ведущий в Центральный пост, был захлопнут. Чтобы открыть верхний люк, необходимо было открыть клапан затопления, который находился под ногами, но в рубке было настолько тесно, что никто не мог наклониться к нему. Вернуть часть личного состава в Центральный пост было уже невозможно. Трюмный матрос ногами сумел открыть клапан, и рубка стала заполняться забортной водой. Давление сравнялось, подводники смогли открыть люк и покинуть подводную лодку. Подошедший с мыса Ристна баркас подобрал вышедших на поверхность моряков. Вскоре М-94 окончательно затонула.
По данным С.А.Гурова («По следам Балтийского подплава») подводная лодка М-94 была обнаружена и поднята АСС ВМФ СССР, останки членов команды перезахоронены.
21 июля 1941 г. – Великая Отечественная война. Балтийский флот. Гибель малой подводной лодки «М-94». Атакована в районе Соэла Вейн немецкой подводной лодкой U-140 при переходе в боевую позицию. Часть экипажа удалось спасти ПЛ М-98 и с помощью баркаса с берега.
- старший лейтенант Шиловский Иван Иосифович – командир БЧ-1
- старшина 2 статьи Барков Петр Петрович – электрик
- краснофлотец Гуляков Михаил Власович – трюмный
- краснофлотец Козлов Владимир Федорович – моторист
- старшина 2 статьи Коклюхин Виктор Иванович – командир отделения штурманских электриков
- краснофлотец Кравченко Иван Пантелевич – электрик
- старшина 2 статьи Побережный Ефим Никитович – командир отделения радистов
- краснофлотец Строев Александр Васильевич — моторист
