Подводная лодка тип «М» XII серии заложена 26 июля 1937 года на заводе №-112 (Красное Сормово) в Горьком. 20 июля 1938 года спущена на воду, 20 ноября 1939 года вступила в строй.
Начало Советско-финской войны М-96 встретила в составе 26-го дивизиона подводных лодок КБФ, проходя ходовые испытания, поэтому участия в Боевых действиях не принимала. 12 декабря 1939 года подводная лодка вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
22 июня 1941 года М-96 находилась в составе 8-го дивизиона 2-й Бригады подводных лодок КБФ, совершив за годы войны семь Боевых походов.
В свой последний Боевой поход М-96 вышла 7 сентября 1944 года. В базу подводная лодка не вернулась. Вероятно, М-96 погибла, подорвавшись на мине заграждения «Zeeigel» в Нарвском заливе 7-9 сентября 1944 года.
В 1999 году при обследовании акционерным обществом «Севморгео» грунта Финского залива в районе острова Сескар были обнаружены две подводные лодки — большая и малая. Было высказано предположение, что это подводная лодка Щ-405, и подводная лодка М-96, пропавшие в Финском заливе между островами Мощный (Лавенсари) и Сескар.
На начало 2019 года данных об обследовании остова подводных лодок не обнаружено.
1942 год.
1942 год.
07 сентября 1943 г. Великая Отечественная война. Балтийский флот. В результате взрыва мины погибла малая подводная лодка «М-96» при форсировании рубежа ПЛО в Нарвском заливе, рядом с островом Сескар. Погибли:
- капитан-лейтенант Карташов Николай Иванович – командир ПЛ, 1913 года.
- старший лейтенант Антипов Евгений Тихонович – командир БЧ-1, помощник командира ПЛ, 1918 года, Ленинградская область, г. Кронштадт
- старший лейтенант Головань Григорий Иванович – командир БЧ-3, 1915 года, Новосибирская область, с. Довольное
- инженер капитан-лейтенант Ильин Петр Михайлович – командир БЧ-5, 1919 года, г. Рязань
- капитан 2 ранга Бутышкин Николай Никифорович – офицер-оператор штаба БрПЛ КБФ, 1905 года
- старшина 1 статьи Бережной Александр Михайлович – командир отделения радистов, 1920 года, Сумская область, с. Сенное
- старший краснофлотец Васильев Михаил Васильевич – старший электрик, 1917 года, Чувашская АССР, д. Вурман-кассы
- старший краснофлотец Веденин Иван Александрович – командир отделения рулевых, 1921 года, Киргиская ССР, с. Орловка, погиб в августе 1942 года
- мичман Глузунов Виктор Георгиевич – старшина группы торпедистов, 1909 года, г. Ленинград (Санкт-Петербург)
- краснофлотец Друзев Прокопий Гаврилович – рулевой, 1921 года, Курская область, с. Нежиголь
- старшина 1 статьи Изотов Григорий Петрович – командир отделения трюмных, 1917 года, Калужская область. с. Романово
- старшина 2 статьи Козлов Николай Кузьмич – командир отделения рулевых, 1921 года, Калужская (Тверская) область, д. Овсянниково
- краснофлотец Коробкин Тимофей Трофимович – радист, 1923 года, Курская область, с. Кощеево
- старшина 1 статьи Кудрявцев Василий Андреевич – командир отделения штурманских электриков, 1918 года, Ленинградская область, д. Дуброва
- старшина 2 статьи Лавров Александр Васильевич – старший моторист, 1921 года, Калининская (Тверская) область, д. Князево
- старший краснофлотец Лапшин Николай Петрович – старший рулевой, 1920 года, Сталинградская (Волгоградская) область, с. Новая Отрада
- старший краснофлотец Петров Иван Федорович – рулевой, 1920 года, Калининская (Тверская) область, д. Язвы, пропал без вести в августе 1941 года
- мичман Петровский Иван Тимофеевич – старшина группы мотористов, 1911 года, Смоленская область, д. Бритово
- старшина 2 статьи Потанин Иван Александрович – старшина группы электриков, 1920 года, Курская область, д. Кунач
- старший краснофлотец Рыбин Василий Спиридонович – командир отделения мотористов, 1918 года, Рязанская область, г. Скопин
- старший краснофлотец Суменков Алексей Дмитриевич – старший торпедист, 1919 года, Рязанская область, д. Новая
- мичман Сухов Максим Никитович – старшина группы рулевых, боцман, 1912 года, Курская область, д. Верхний Каменец
- краснофлотец Тузов Владимир Егорович – трюмный, 1923 года, Азербайджанская ССР, г. Баку
- старший краснофлотец Филиппов Алексей Филиппович – командир отделения гидроакустиков, 1920 года, Чувашская АССР, с. Чуман-кассы
