Создана 1 октября 1715 г. в Санкт-Петербурге на базе старших мореходных классов Московской Навигацкой школы, Нарвской Навигацкой школы и Новгородской Навигацкой школы из числа воспитанников дворянского происхождения в доме Кикина на берегу Невы, там, где сейчас находиться здание Зимнего дворца.
Штатная численность воспитанников составляла 300 человек дворянского происхождения, подразделявшихся в организационно-строевом отношении на 6 бригад (отделений). Кроме того, имелся класс геодезистов (30 чел.).
Для руководства Академией морской гвардией был назначен директор генерал-лейтенант барон Сент-Илер. «Высший надзор» за обучением был поручен одному из ближайших сподвижников Петра Первого графу Матвееву Андрею Артамоновичу. Учебным процессом руководил, переведенный из Московской Навигацкой школы выходец из Шотландии Генри Фарварсон. Большинство учителей были переведены из Московской Навигацкой школы.
Командирами бригад Петром Великим были назначены гвардейские офицеры. В помощь каждому были назначены, также из гвардии, два сержанта и несколько хороших старых солдат, исправлявших должность дядек и обеспечивавших дисциплину. Воспитанники должны были, по инструкции, жить в здании Академии, однако многие из них жили на квартирах своих родственников и близких.
С 1716 г. для воспитанников Петром Первым было установлено звание гардемарин (от французского — страж моря или морской гвардеец). То есть Петр Великий приравнивал флот к гвардии.
Инструкция, которой регулировалась учёба и служба в академии утвердил Пётр Первый. Он собственноручно написал перечень наук, чему должно было учить детей.
Программа обучения включала математику, навигацию, сферику, астрономию, математическую географию, ведение шканечного (вахтенного) журнала, артиллерию, ружейные приемы, фортификацию, изучение корабля, рисование, геодезию, фехтование и верховую езду (вольтижировку).
Во время летней кампании в соответствии с указом Петра Великого гардемарины находились в практическом плавании на кораблях Балтийского флота, исполняя обязанности матросов, комендоров и морских солдат, обучались «корабельному правлению», самостоятельно вели «журналы путеплавания» и производили обсервации.
Академия морской гвардии готовила специалистов в области навигации артиллерии, фортификации, устройства корабля (кораблестроители).
После соответствующего экзамена гардемарины до 1732 г. производились в мичманы и в последующем исполняли на кораблях при прохождении практики обязанности унтер-офицеров (старшин). В последующем, сдав очередной экзамен, они получали первичное офицерское звание — унтер-лейтенант (с 1732 г., после причисления звания мичмана к офицерскому составу, выпускникам Академии присваивалось при выпуске это воинское звание).
Наказания за различные провинности были весьма строги.
С 1723 г. в организации обучения и службы воспитанников произведены изменения. Закончившие теоретический курс воспитанники зачислялись в специальную гардемаринскую роту (штатная численность около 200 чел.) и располагались в Кронштадте. Здесь проходила летняя практика на кораблях и зимние теоретические занятия.
Определенного срока обучения в Академии не существовало, период пребывания в учебном заведении зависел от способностей каждого воспитанника и наличия свободных вакансий в списках офицерского состава флота. Зачастую гардемарины производились в офицеры через 4-5 лет, и в то же время нередки были случаи службы в гардемаринском звании по 15-20 и более лет. Известно, что в 1744 г. в отставку «по болезни и старости» был уволен гардемарин Академии в возрасте 54 лет, безрезультатно проучившийся почти три десятилетия.
После смерти Петра Первого Академия, как и весь Российский флот, пришла в упадок. Часто на укомплектование присылались заведомо неподготовленные и непригодные к военно-морской службе дворянские дети из захудалых родов. Многие гардемарины бросали учебу и переводились в гвардейские полки, рассчитывая на более успешную карьеру.
В 1732 году императрица Анна Иоанновна пожаловала академии каменный дом репрессированного князя Долгорукого на углу большой Невы и 3-ей линии. Ныне здание Петербургской Академии художеств.
В 1741, 1744, 1747 годах перед императрицами поднимался вопрос о подборе надлежащего здания для размещения Академии морской гвардии.
Всего за 1717-1752 гг. Академия подготовила свыше 750 моряков и геодезистов. Причем бывали случаи непосредственного производства в унтер-лейтенанты, а наиболее выдающихся по успехам выпускников — в лейтенанты. Из Академии вышли известные мореплаватели, и исследователи С.Г.Малыгин, И.М.Евреинов, Ф.Ф Лужин, Д.Я. и Х.П.Лаптевы, С.И.Челюскин, М.С.Гвоздев, А.И.Чириков, Х.П.Лаптев; флотоводец В.Я.Чичагов, и многие другие прославившие Россию люди. Воспитанники геодезического класса осуществляли съемку Российской территории, участвовали в издании Академией наук в 1745 г. первого географического атласа России.
15 декабря 1752 г. Академия морской гвардии указом императрицы Елизаветы Петровны преобразована в Морской шляхетский кадетский корпус.
Однако переименование Академии морской гвардии в Морской корпус не повлекло упразднение звания гардемарин, но стало присваиваться только ученикам старших курсов.
Директорами Академии были генерал-лейтенант Сент-Илер (1715-1716), граф А.А.Матвеев (1716-1719), бомбардир-капитан Г. Г. Скорняков-Писарев (1719-1722), капитан А.Л.Нарышкин (1722-1727), вице-адмирал Д.Вильстер (1727-1728), капитан П.К.Пушкин (1728-1730), капитан В.А.Мятлев (1730-1732), капитан-лейтенант В.М.Арсеньев (1732-1733), генерал-лейтенант В.А.Урусов (1733-1739), капитан П.К.Пушкин (1739-1744), капитан 1-го ранга А.И.Нагаев (1744-1752).