14 марта 1887 года Управляющий Морским Министерством адмирал И.А. Шестаков, учитывая недостаточность подготовки по кораблевождению в Морском училище, приказом № 38 ввел в действие Инструкцию о занятиях флотских офицеров штурманским делом. В соответствии с этой инструкцией при главных портах России (Кронштадтском, Ревельском, Севастопольском и Владивостокском) были организованы специальные Штурманские офицерские классы для проведения занятий с флотскими офицерами по астрономии, девиации магнитных компасов и лоции. Организационно классы подчинялись командиру порта. Преподавательский состав подбирался из флагманских штурманов и офицеров Гидрографической службы. Занятия проводились с конца ноября по март. Через несколько лет в курс подготовки были добавлены такие предметы, как навигация, лоция и метеорология, установлены дополнительные штаты руководителей занятий, увеличен срок теоретического обучения, введена 2–4 недельная учебная практика на специально выделенных учебных судах.
В 1908 году по просьбе командующего морскими силами Балтийского моря Н.О.Эссена Главным Гидрографическим Управлением (ГГУ) по согласованию с Морским министерством был организован в Санкт-Петербурге Временный штурманский офицерский класс, «где бы офицеры флота могли освежить и пополнить свои теоретические знания по кораблевождению и, кроме того, запастись специальными практическими сведениями для успешного и толкового исполнения на корабле сложных обязанностей старшего штурманского офицера». Занятия в классе начались в декабре 1908 года.
С учетом опыта работы класса в марте 1909 года при ГГУ была создана комиссия по изменению подготовки штурманских офицеров. Выработанные комиссией предложения по дальнейшему функционированию Временного Штурманского офицерского класса (проект организации, программы обучения, штаты) начальник ГГУ доложил Адмиралтейств Совету, который на своем заседании 16 декабря 1909 года утвердил их. Представление Адмиралтейств совета об организации Временного Штурманского офицерского класса на 12 слушателей при Главном Гидрографическом Управлении и выделении необходимых денежных средств было доложено морским министром вице-адмиралом С.А. Воеводским императору Николаю II и утверждено им 23 декабря 1909 года.
Штурманские офицерские классы в Кронштадте, Ревеле и Севастополе действовали до принятия в 1910 году начальником Главного Морского штаба (ГМШ) решения об их объединении с Временным штурманским офицерским классом при ГГУ. Владивостокский штурманский офицерский класс осуществлял подготовку штурманов до 1917 года. Временный Штурманский офицерский класс разместили сначала в Николаевской Морской академии, а затем в здании Адмиралтейства. Заведующим Классом был назначен капитан корпуса гидрографов Н.Н. Матусевич. Преподавательский состав Штурманского офицерского класса формировался из специалистов ГГУ, учреждений Морского ведомства и офицеров соединений и кораблей флота. К преподаванию привлекались наиболее выдающиеся специалисты в различных областях военно-морского дела – тактики, кораблевождения, океанографии, электротехники, кораблестроения, применения оружия. Педагогическую деятельность в классе вели такие известные ученые и специалисты как Ю.М. Шокальский, Н.Н. Оглоблинский, А.И. Шейковский, В.Я. Павлинов, флагманские штурмана штаба командующего Морскими силами Балтийского моря Б.А. Вилькицкий и В.М. Альтфатер; флагманские штурмана соединений и командиры кораблей С.И. Фролов, А.С. Полушкин, И.И. Конюшков, Д.И. Дараган, И.Н. Дмитриев, А.И. Неелов, Н.Н. Струйский, Н.Н. Глазов, Н.Н. Зубов, П.А. Новопашенный. Во время практики на учебном корабле к руководству занятиями привлекались флагманские штурмана соединений и наиболее опытные штурмана кораблей Балтийского флота.
Кандидаты в слушатели прибывали в Класс к 15 сентября и сдавали конкурсные вступительные экзамены по плоской и сферической тригонометрии, дифференциальному и интегральному исчислению, аналитической геометрии. Знания проверялись в объеме учебных программ Морского корпуса. Теоретическое обучение занимало 5 месяцев, практика на кораблях — 2 месяца. По окончании теоретического обучения проводились экзамены по дисциплинам, утвержденным Учебным советом Класса. Слушатели, не выдержавшие проверочного и теоретического экзаменов, отчислялись.
На время учебной практики назначался Заведующий практическим обучением (обычно это был Н.Н. Матусевич). Практика проводилась на учебном корабле «Океан», броненосном крейсере «Россия» и на других кораблях. На учебном корабле слушатели совершали двухмесячное заграничное плавание. До или после плавания в течение двух недель проходила практика по девиации магнитных компасов и по морской описи. Каждый слушатель должен был с помощью имеющихся на корабле инструментов самостоятельно произвести рекогносцировочную опись (съемку, промер, геодезические измерения) и составить план небольшого района, например, бухты, части гавани.
Занятия с последним набором Временного Штурманского офицерского класса проводились с 1 декабря 1917 по апрель 1918 года. Начавшийся в феврале 1918 года роспуск старого флота привел к закрытию Временного Штурманского офицерского класса. В апреле 1918 года принадлежавшее ему имущество было сдано на хранение в ГГУ. За четыре военных выпуска класс подготовил около 80 квалифицированных специалистов, из которых выросла плеяда видных командиров и штурманов ВМФ СССР.
После Великой Октябрьской революции в январе 1918 года приказом Народного Комиссариата по морским делам офицерские классы ВМФ были закрыты. Но уже 13 ноября 1918 года приказом по Морскому Генеральному штабу № 734 были созданы Соединённые курсы усовершенствования командного состава РККФ (СКУКС РККФ) «…для подготовки специалистов командного состава флота». Подготовка предусматривалась по пяти профилям: артиллерийскому, минному, подводному, штурманскому и электротехническому. Соединённые курсы были размещены в здании Военно-морской академии на 11-й линии Васильевского острова. В декабре 1921 года Соединённые курсы переходят в распоряжение Военно-морской академии. 17 октября 1923 года приказом Реввоенсовета СССР № 2303 они были переименованы в Высшие специальные курсы командного состава флота (ВСККСФ). В 1927 году было принято новое Положение, согласно которому к учёбе на Курсах допускались лица не старше 32 лет, окончившие Военно-Морское училище имени М.В. Фрунзе и прослужившие на кораблях не менее двух лет. С 1931 по 1939 год Курсы назывались «Специальные курсы командного состава ВМС РККА имени ЦИК Татарской АССР». В июле 1932 года отдельные классы Курсов были переформированы в секторы (факультеты), а 19 октября в секторах были утверждены кафедры. В 1932 году Курсы были отнесены к разряду высших специальных военно-морских учебных заведений.
С 1936 года на Курсах впервые в России была начата подготовка командиров кораблей на созданных в декабре 1936 года Курсах командиров миноносцев. Их выпускниками стали создатель океанского флота Советского Союза Главнокомандующий ВМФ СССР Адмирал Флота Советского Союза С.Г. Горшков, многие командующие, командиры соединений и большинство командиров кораблей Советского и Российского Военно-Морского Флота.
Важнейшей формой практического обучения офицеров-слушателей с 1924 года являлась корабельная практика на конкретных должностях боевых кораблей и соединений флотов. Так, в 1924 году после окончания теоретического курса слушатели-артиллеристы проходили практику на канонерской лодке «Красное знамя»; минеры – в отряде заграждения и траления; подводники – во второй группе подводных лодок Балтийского флота, а штурманы участвовали в переходе посыльного судна «Воровский» из Архангельска во Владивосток южным морским путем с заходом в китайский порт Кантон. В связи с войной в Испании учебная практика штурманского сектора проводилась в 1936–1937 годах на Балтийском и Северном флотах. В 1937 году слушатели участвовали в переходе по маршруту Мурманск – Кронштадт на учебном судне «Свирь». В 1938 году 20 слушателей совершили переход на гидрографических судах «Полярный» и «Партизан» по маршруту Ленинград – Плимут – Бостон – Колон (Панамский канал) – Сан Франциско – Датч Харбор (Алеутские острова) – Петропавловск-Камчатский – Владивосток, а 32 слушателя – на учебном судне «Свирь» из Кронштадта в Мурманск. В 1939 году слушатели штурманского класса приняли участие в переходе 4-х тральных кораблей по маршруту Кронштадт – Плимут – Норфолк (США) – Колон (Панамский канал) – Сан Франциско – Датч Харбор (Алеутские острова) — Владивосток.
в Панамском канале, 10 августа 1938 года
гс «Партизан», июль 1938 года
В 1938 году Курсы были размещены в специально построенном здании на Малоохтинском проспекте Ленинграда, где они и находятся по настоящее время.
В 1939 году в связи с общей реорганизацией системы военно-морской подготовки было произведено переформирование Курсов, на которые была возложена подготовка офицеров-специалистов по эксплуатации оружия и технических средств. Ввиду этого, приказом Народного Комиссара ВМФ в августе 1939 года Курсы переименовываются в Высшие специальные курсы командного состава РК ВМФ. В 1941 году на Курсах была введена адъюнктура.
В июле 1941 года Народным Комиссаром ВМФ Н.Г. Кузнецовым было принято решение о передислокации ВСККС в Астрахань, а во второй половине августа 1942 года — в Самарканд. На новых местах была развернута напряженная работа по подготовке командных кадров в условиях военного времени. Срок обучения был сокращен. Занятия проводились по программам военного времени с сокращённым 6-месячным сроком обучения. Для этого без изменения методологии обучения были переработаны учебные планы и программы. Основной упор сделан на приобретении офицерами умений в исполнении соответствующих обязанностей на кораблях и в частях. Преподаватели обучали слушателей на основе приобретенного боевого опыта в ходе Великой Отечественной войны. Основное место в учебном процессе занимали практические занятия на приборах, оружии, вооружении и технике.
В 1943 году Курсы переименовываются в Специальные курсы офицерского состава ВМФ (СКОС). В июле 1943 года приказом Народного Комиссара ВМФ сроки обучения были увеличены до 12 месяцев. В августе 1944 года СКОС были возвращены в Ленинград. За годы Великой Отечественной войны Курсы подготовили свыше 1500 офицеров, принявших активное участие в боях за Родину. 20 апреля 1945 года указом Президиума Верховного Совета СССР за исключительные заслуги перед Родиной в деле подготовки квалифицированных офицерских кадров для Военно-Морского Флота и успешную научно-исследовательскую работу, направленную на повышение боевой деятельности Военно-Морского Флота, Специальные курсы офицерского состава ВМФ были награждены орденом Ленина.
В 1945 году на Классах было создано отделение по подготовке зарубежных специалистов, а 1947 году — специальный факультет. С 1 сентября 1945 года создаются новые факультеты: командный подводный и командный надводный. 12 июля 1945 года Приказом № 296 / 351 заместителя Наркома ВМФ и Председателя Всесоюзного Комитета по делам высшей школы при СНК СССР Высшие специальные курсы командного состава ВМФ переименованы в Высшие ордена Ленина специальные классы офицерского состава ВМФ (ВОЛСОК).
В 1946 году полностью произведён переход от обучения по сокращённым программам военного времени на обучение по программам мирного времени. Параллельно с подготовкой квалифицированных офицерских кадров активно проводилась целенаправленная научно-исследовательская и опытно-конструкторская работа, направленная на обеспечение учебного процесса и решение актуальных для флота задач. Разрабатывались тактические руководства и правила боевого применения оружия и использования технических средств. Для этого были выпущены десятки учебников, учебных и методических пособий, руководств, наставлений и правил, необходимых для повседневной и боевой деятельности кораблей и их соединений. Весомый вклад был внесен в разработку большинства руководящих документов: «Курса подготовки надводных кораблей», «Курса подготовки ПВО кораблей», «Курса подготовки подводных лодок», «Тактического руководства надводных кораблей», «Правил штурманской подготовки» и многих других тактических документов. В октябре 1960 года факультеты Классов, готовившие флагманских специалистов, были объединены в один — факультет оружия и противолодочной обороны.
Быстрые темпы развития флота в послевоенный период, возрастание его мощи, масштабов выполняемых задач и острая потребность в специалистах новых направлений привели к стремительному совершенствованию всей системы подготовки офицеров. На классах появились молодые, но достаточно зрелые, имеющие большой практический опыт преподаватели, прибывшие с действующих соединений новых кораблей и подводных лодок. Они четко представляли нужды флота по подготовке управленческих кадров кораблей, необходимый уровень их подготовленности и потребности прибывающих на обучение слушателей. Была проведена серьезная научно-исследовательская работа, в результате которой методология обучения «практического подхода» была заменена на методологию подготовки «деятельностного подхода» (1971 год), когда теоретическое и практическое обучение проводилось применительно к предстоящей деятельности специалистов на флоте в должности предназначения.
На корабли стали выпускаться специалисты, способные не только управлять сложными системами, понимающие принципы их функционирования и умеющие их эксплуатировать, но и организовывать подготовку подчиненных к выполнению свойственных кораблям задач и управлять коллективами при практических действиях сил флота во всех уголках Мирового океана
В исторический период создания и развития Российской Федерации потребовалось проводить образовательный процесс в строгом соответствии с задачами, стоящими перед ВМФ, совершенствованием тактики боевого применения кораблей, их оружия и вооружения. С середины 90-х годов XX века произошло значительное сокращение личного состава Классов. В 1995 году был прекращён набор в класс офицеров-гидрометеорологов. Этот период явился наиболее сложным и непредсказуемым — реформировался Военно-Морской Флот, реформировалась вся система военно-морского образования. Главной задачей классов стало сохранение педагогического состава, научного потенциала и подготовка высококвалифицированных офицерских кадров для предстоящего развития ВМФ. Причем подготовка проводилась практически при отсутствии средств на эксплуатацию техники и оружия и корабельной практики — ее заменяла тренажерная подготовка. Была сформирована новая методология подготовки «проблемно-деятельностного подхода» (1999 год), когда в ходе подготовки специалистов к предстоящей деятельности отрабатывались пути решения возникающих проблем по специальности активным расширением интеллектуальной деятельности слушателей при отработке всех форм и видов учебных занятий. Классы стали развиваться и повышать свой статус как научно-образовательное учреждение. В декабре 1997 года начал функционировать свой диссертационный совет. В 2007 году диссертационный совет был преобразован в докторский. За время существования диссертационного совета в нем защищено 27 кандидатских и одна докторская диссертации.
Классы первыми из военных ВУЗов получили лицензию на право ведения образовательной деятельности в сфере дополнительного профессионального образования, первыми успешно прошли государственную аттестацию и первыми получили государственный аккредитационный статус: по типу — образовательное учреждение дополнительного профессионального образования; по виду — академия дополнительного профессионального образования. Приказом Министерства образования Российской Федерации от 20 октября 2000 года ВСОК ВМФ лицензированы в сфере послевузовского профессионального образования (адъюнктура). Приказом Министра обороны Российской Федерации № 402 от 30 сентября 2001 года возобновлена адъюнктура. С 2002 года на Классах возобновилась подготовка специалистов для иностранных флотов (Сирии, Казахстана, Вьетнама, Алжира). 1 июля 2012 года Высшие специальные офицерские классы ВМФ стали 2-м филиалом ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» и получили новое название Военный институт дополнительного профессионального образования ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия».
В настоящее время полный курс обучения на Классах рассчитан на 10 месяцев. Кроме этого существуют двух-, трех- и четырехмесячные курсы, на которых обучаются офицеры перед назначением на вышестоящие должности. В учебном процессе 40 % учебного времени отводится на теоретические вопросы и 60 % — на практику. Обучение ведётся по 42 флотским специальностям. Классы являются головной организацией, разрабатывающей Курс подготовки надводных кораблей, Курс подготовки ПВО, Правила штурманской подготовки, а также соисполнителем в разработке Курса подготовки подводных лодок, Тактического руководства надводных кораблей и некоторых других.
Курсы и Классы ВМФ окончили свыше 100000 офицеров, в том числе более 500 специалистов для ВМС 14 иностранных государств. Здесь преподавали выдающиеся ученые – академики Петербургской Академии наук математик М.В. Остроградский, физик и электротехник Э.Х. Ленц, академик, океанограф Ю.М. Шокальский, известный специалист в области гидроакустики Ф.Ф. Петрушевский, специалист в области подводного кораблестроения, первый командир первой русской боевой подводной лодки «Дельфин» М. И. Беклемишев. В Минном офицерском классе выдающийся ученый
А.С. Попов изобрел радио. В Штурманском классе И.П. Де-Колонгом была разработана теория магнитно-компасного дела в современном ее понимании.
Сотни выпускников Офицерских классов ВМФ стали гордостью Отечества, прославили Советский и Российский военный флот в ратных делах и флотских буднях. В стенах Классов выросли выдающиеся флотоводцы, ученые, исследователи морей и океанов, изобретатели оружия и военной техники. 69 выпускников удостоены звания Героя Советского Союза и Героя Российской Федерации. Более 100 специалистов удостоены звания лауреата Ленинской и Государственной премий. Выпускниками классов были многие выдающиеся русские и советские адмиралы. Среди них первый адмирал подводных сил России Э.Н. Щенснович, адмиралы флота С.Г. Горшков, И.С. Юмашев, Г.М. Егоров, В.Н. Чернавин, адмиралы А.П. Михайловский и Э.Д. Балтин, вице-адмиралы Л.А Матушкин, Р.А. Голосов, В.К. Коробов, А.И. Петелин, А. И. Павлов, Е.А Томко, Е.Д. Чернов и многие другие.